Para evitar confusiones a quienes aún quisieran usar la Suite Mozilla original, se necesitaba un nuevo nombre para el nuevo producto.
Después de especulaciones iniciales por miembros de la comunidad, el 2 de julio del 2005 un anuncio confirmó que "SeaMonkey" sería oficialmente el nombre de esta suite de Internet, reemplazando al nombre "Mozilla Application Suite".
"Seamonkey", denominación que en inglés corresponde a la artemia salina, fue un nombre anteriormente usado por la Fundación Mozilla (y antes por Netscape) como el nombre código de la propia Mozilla Suite.
También utiliza un esquema de numeración aparte, habiendo sido denominada la primera versión SeaMonkey 1.0. A pesar de tener un nombre y número de versión diferente, SeaMonkey 1.0 se basa en lo que iba a ser Mozilla Suite 1.8, con plataforma Gecko 1.8.
